Il nostro corpo è tenuto in equilibrio dai due rami del sistema nervoso autonomo: il sistema simpatico, che determina le reazioni di attacco/fuga e quello opposto, il parasimpatico, deputato alle funzioni di riposo e digestione. Ciascuno dei due possiede una rete intricata e interconnessa di nervi che collegano il cervello agli organi interni e comunicano mediante una serie di neurotrasmettitori, i quali a loro volta determinano il rilascio di sostanze chimiche diverse nel flusso sanguigno, per influenzare la funzionalità degli organi. Queste sostanze regolano il ritmo del respiro, il battito cardiaco, la dilatazione delle pupille e la funzionalità di intestino e vescica.

I processi appena descritti sono alla base della reazione di attacco/fuga che serve a garantirci la sopravvivenza. Quando ci sentiamo minacciati o sotto stress, la centralina di allarme emotivo nel cervello, l'amigdala, recepisce il pericolo e invia un segnale di emergenza a un'altra parte del cervello, l'ipotalamo, cioè il centro di comando del cervello. Questo, a sua volta, attraverso il sistema nervoso simpatico, trasmette il segnale al surrene, perché rilasci adrenalina nel flusso sanguigno. Di conseguenza il cuore inizia a battere più forte, il respiro diventa corto e superficiale, i palmi delle mani sudano, lo stomaco si contrae e interrompe la digestione. Tutto questo accade per permetterci di focalizzare e incanalare l'energia nella fuga o in una reazione immediata alla minaccia. Essere in un tale stato iperattivo per un periodo di tempo limitato non è dannoso. Alla fine lo stress scompare e il sistema nervoso parasimpatico riprende il comando per ristabilire l'equilibrio.        

Se però la situazione di allarme permane per un periodo di tempo più lungo e il sistema nervoso parasimpatico non entra in azione, l'asse ipotalamico-pituitario-adrenalinico invia una seconda ondata. Questo sistema rilascia ormoni dello stress come il cortisolo, che si diffonde in tutto il corpo e disattiva il sistema immunitario. Questo succede quando siamo stressati per giorni o settimane interi, senza poter tornare alla situazione di equilibrio. Questa condizione può determinare ansia, fragilità emotiva o una sensazione di estrema spossatezza. Quando siamo più vulnerabili e non abbiamo la possibilità di riposarci o di ritrovare l'equilibrio, finiamo per arrabbiarci per motivi futili che di solito non ci toccano neanche. Una volta che l'ormone dello stress viene attivato, il ritmo del respiro diventa quello tipico delle situazioni di emergenza, cioè superficiale e corto. Il corpo e la mente soffrono di questo stress cronico. Livelli di cortisolo costantemente elevati determinano problemi fisici a lungo termine, tra cui l'indebolimento del sistema immunitario, le infiammazioni, l'aumento di peso, i disturbi del sonno, le malattie cardiache e i problemi di stomaco. 

Lo yoga interrompe il circolo vizioso dello stress attivando la risposta di rilassamento del corpo e inducendo uno stato di riposo profondo a sua volta prodotto dal sistema nervoso parasimpatico antistress. Questo sistema ha il compito di ridurre lo stress fisico ed emotivo, rilasciando sostanze chimiche e ormoni che rilassano i muscoli e rallentano la respirazione. La pratica yoga agendo sul sistema mente-corpo, attiva questa risposta di rilassamento.