Negli ultimi decenni la neuroscienza ha fatto dei passi avanti nel comprendere il modo in cui la meditazione modifica la mente e il corpo e nell'esaminarne gli effetti a livello neurobiologico, ormonale, anatomico e funzionale. I ricercatori la definiscono un processo mentale complesso che modifica la capacità di controllo emotivo, la memoria, la percezione sensoriale, la produzione ormonale e il sistema nervoso. La meditazione allena la mente a essere allo stesso tempo concentrata e rilassata, riequilibrando il sistema nervoso e diminuendo la pressione sanguigna, il battito cardiaco e la frequenza respiratoria. 

Una delle scoperte più affascinanti è che la meditazione ha il potere di cambiare la struttura cerebrale. La meditazione permette di sviluppare le aree del cervello legate alla riflessione di sé, alla regolazione emozionale, all'apprendimento, alla memoria, all'attenzione, all'empatia e alla compassione, e nello stesso tempo ridurre le aree legate all'ansia, alla paura, allo stress e alla reattività emotiva.

La meditazione protegge l'emisfero sinistro, collegato in particolare alla risposta del sistema nervoso parasimpatico e alle emozioni positive, come gioia e felicità. Al contrario riduce lo stimolo verso l'amigdala, il centro del cervello che controlla la reattività emotiva, ossia la risposta di attacco/fuga. Ciò conferma che chi pratica regolarmente la meditazione, rafforza la capacità di tollerare le situazioni difficili invece di sentirsi sopraffatti o paralizzati dalla paura o dalla rabbia.

La meditazione ci protegge dall'invecchiamento naturale, chi la pratica regolarmente ha un cervello di dimensioni simili a quelle riscontrate in persone molto più giovani, in particolare vengono stimolate le zone che regolano l'attenzione, il sistema uditivo e la percezione sensoriale, la memoria e la capacità decisionale. La meditazione è in grado di indurre a vere e proprie modifiche a livello neuro-cerebrale, praticare costantemente la meditazione è in grado di ispessire la corteccia cerebrale. Questa regione del cervello è molto importante a livello decisionale, nell'interazione mente-corpo.   

La meditazione agisce affinando la capacità della mente e del cervello di crescere e cambiare tramite l'esperienza, anche in età adulta, attraverso la plasticità cerebrale. Grazie a questa, i percorsi e le strutture del cervello possono essere trasformati dall'esperienza. Le persone che meditano mostrano un'attività molto sviluppata in vaste aree della corteccia prefrontale, vale a dire nella regione cerebrale che ha il compito di prendere le decisioni, di comportarsi bene in mezzo agli altri e di esprimere la personalità. Oltre a questo, la corteccia prefrontale valuta le conseguenze delle azioni, mantenendovi concentrati sugli obiettivi. 

Così la pratica meditativa si dimostra efficace nel contrastare l'invecchiamento cerebrale, favorendo e rafforzando la memoria e nello stesso tempo è in grado di favorire la riduzione dell'emissione di risposte abituali e favorire all'opposto quelle nuove, stimolando in questo modo la creatività.  

In pratica la meditazione è in grado di modificare la modalità in cui lavora e opera il nostro cervello.