L'infiammazione è il modo in cui il corpo cerca di sbarazzarsi del fastidioso agente irritante per iniziare il processo di guarigione. Se però l'invasore da combattere non è individuabile, ad esempio in malattie come l'artrite, l'infiammazione finisce per fare più male che bene, danneggiando i tessuti e causando affaticamento, dolore, perdita del sonno e dell'appetito. Molte altre malattie che non consideriamo infiammatorie, magari perché non provocano lesioni visibili, sono state in realtà messe in relazione con uno stato infiammatorio lieve ma cronico, tra queste: l'obesità, le patologie cardiache, il cancro e persino la depressione.

L'effetto antinfiammatorio dello yoga è una delle ragioni per le quali questa disciplina contribuisce a combattere un'ampia gamma di malattie, tra cui quelle legate alle infiammazioni invisibili. La pratica regolare dello yoga, determina un aumento delle proteine antinfiammatorie chiamate apolipoproteina A1 e adiponectina. L'apolipoproteina A1 è un componente del colesterolo buono, chiamate anche HDL, che aiuta a ripulire le pareti arteriose da colesterolo e grassi e ha proprietà antinfiammatorie. L'adiponectina, invece, è un ormone proteico antinfiammatorio che aiuta a tenere a bada la glicemia.

Lo yoga fa anche diminuire le citochine, delle proteine messaggere, che provocano infiammazione e aumentare quelle che la bloccano; inoltre, rafforza il sistema immunitario abbassando il cortisolo, cioè l'ormone dello stress, e favorisce una maggiore produzione di proteine che difendono l'organismo.