Dallo Yoga Sutra, il trattato inerente allo yoga attribuito al Rishi Patanjali, databile intorno al 200 a.C., sappiamo che la meditazione veniva fatta portando l'attenzione su differenti cose come ad esempio: il sole, la luna, la stella polare; ma anche su alcune parti del corpo come: l'ombelico, il cuore, il palato, il centro tra le sopracciglia e la cima della testa. Ma per trovare per la prima volta il termine chakra, dobbiamo aspettare il 500 d.C., con i testi tantrici.
Nei tantra induisti che vanno dal 500 al 1300 d.C., scopriamo descrizioni differenti dei chakra. Nei testi più antichi abbiamo solamente 5 chakra, ma quelli più recenti possono arrivare anche a 11, con nomi, posizione e rappresentazione simbolica differente.
Di fatti la tradizione indiana prevede l'uso dei chakra, come strumento da visualizzare durante la meditazione, per realizzare una tecnica ben precisa il Nyasa, cioè l'istallazione della divinità all'interno del proprio corpo. Di conseguenza a seconda della scuola e del culto di riferimento, rappresentazione, numero e simbologia, variava a seconda dell'insegnamento o dottrina che si vuole impartire. Quindi le parti del corpo su cui si porta l'attenzione, diventano visualizzazioni per realizzare il Nyasa, attraverso la sofisticata simbologia dei chakra.
Il sistema dei 7 chakra attualmente in uso nello yoga, ha come testo di riferimento un testo del 1577, Shat-chakra Nirupana (Spiegazione dei 6 chakra) di Purnananda Yati. Questo sistema non viene utilizzato oggi solamente perché è il più recente, ma anche perché decreta il passaggio da "yoga mentale" a "yoga fisico". Di fatti fino all'800 d.C., le pratiche yoga erano sostanzialmente incentrate sulla meditazione, ma dall'800 in poi le cose cambieranno.
Questa continua attenzione e sovrapposizione tra macrocosmo e microcosmo, porterà a concentrarsi sempre di più sul corpo. Se il corpo è uguale al cosmo, grazie ad esso posso realizzare lo Yoga. Il corpo diventa strumento di realizzazione spirituale, il Kundalini Yoga e l'Hatha Yoga, diventano i nuovi percorsi la cui dottrina è espressa nei 7 chakra.